Khi xác định có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan điều tra phải ra quyết định khởi tố vụ án hình sự. Khi có đủ căn cứ để xác định một người đã thực hiện hành vi phạm tội thì cơ quan điều tra ra quyết định khởi tố bị can.
Khởi tố vụ án là giai đoạn mở đầu của tố tụng hình sự trong đó các chủ thể có thẩm quyền theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự quy định kiểm tra thông tin, tài liệu thu được, xác định có hay không có dấu hiệu tội phạm để ra quyết định khởi tố hoặc quyết định không khởi tố vụ án.
Còn khởi tố bị can là hoạt động áp dụng pháp luật tố tụng hình sự của cơ quan có thẩm quyền trong đó xác định một người, pháp nhân đã thực hiện tội phạm để bắt đầu tiến hành điều tra, áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo trình tự, thủ tục của tố tụng hình sự.
Khởi tố vụ án và khởi tố bị can có điểm giống nhau đều là quyết định bắt đầu điều tra công khai theo trình tự thủ tục tố tụng hình sự, nhưng khác nhau về thời điểm, yêu cầu và căn cứ khởi tố. Quyết định khởi tố vụ án có thể chưa yêu cầu xác định ngay người phạm tội là ai, pháp nhân nào, hành vi thực hiện tội phạm diễn ra như thế nào? Nhưng, quyết định khởi tố bị can là phải xác định chính xác một người hoặc pháp nhân cụ thể đã thực hiện hành vi phạm tội.
Khởi tố bị can không chỉ được tiến hành ở giai đoạn khởi tố vụ án mà còn được thực hiện trong giai đoạn điều tra hay trong giai đoạn truy tố nếu phát hiện có người thực hiện tội phạm.
