Nội dung dưới đây là kinh nghiệm rà soát hồ sơ phục vụ quyết toán, kiểm tra thuế. Đây không phải là danh sách yêu cầu của cơ quan thuế áp dụng cho mọi doanh nghiệp. Từng trường hợp vẫn phải căn cứ vào hoạt động thực tế, hồ sơ và quy định pháp luật áp dụng tại thời điểm phát sinh.

1. Trước tiên, xuất toàn bộ dữ liệu kế toán ra Excel

Đừng chỉ xuất báo cáo dạng PDF. Excel giúp kế toán lọc, đối chiếu và tìm ra các khoản bất thường nhanh hơn.

Nên có tối thiểu:

Bảng cân đối số phát sinh.
Sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản.
Công nợ phải thu, phải trả: TK 131, 331.
Tiền mặt, tiền gửi: TK 111, 112.
Hàng tồn kho: TK 152, 153, 155, 156.
Tài sản cố định, công cụ dụng cụ.
Doanh thu, giá vốn: TK 511, 632.
Chi phí: TK 641, 642, 635.
Thu nhập, chi phí khác: TK 711, 811.
Các tài khoản 138, 338 và những tài khoản có số dư lớn hoặc phát sinh bất thường.

Chỉ cần lọc và xem kỹ các tài khoản trọng yếu, doanh nghiệp đã có thể phát hiện nhiều khoản chênh lệch cần giải thích.

2. Đối chiếu sổ kế toán với hồ sơ khai thuế

Đây là một trong những việc quan trọng nhất.

Cần kiểm tra xem số liệu trên sổ kế toán có khớp với hóa đơn và tờ khai thuế hay không.

Nội dung	Cần đối chiếu với
Doanh thu TK 511	Hóa đơn điện tử, tờ khai GTGT, quyết toán TNDN
Thuế GTGT đầu vào TK 133	Hóa đơn mua vào, hồ sơ khai GTGT
Tiền lương TK 334	Hợp đồng lao động, bảng lương, quyết toán TNCN
TSCĐ TK 211	Hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán, bảng khấu hao
Hàng tồn kho	Sổ kho, nhập xuất tồn, TK 152/155/156 và giá vốn TK 632
Công nợ TK 131/331	Hợp đồng, đối chiếu công nợ, chứng từ thanh toán

Nếu số liệu lệch, phải xác định rõ lệch ở đâu, vì sao lệch và cách xử lý thế nào.

Đừng chờ đến khi được hỏi mới bắt đầu tìm nguyên nhân.

3. Rà soát các khoản thanh toán không dùng tiền mặt

Không nên chỉ nhớ máy móc rằng:

“Hóa đơn trên 20 triệu mới phải chuyển khoản.”

Theo nội dung bài viết, các khoản mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên thuộc trường hợp phải đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt cần được rà soát kỹ.

Nên lập danh sách riêng và kiểm tra:

Ngày thanh toán.
Số tiền.
Tài khoản thanh toán.
Người nhận tiền.
Nội dung chuyển khoản.
Hóa đơn tương ứng.
Hợp đồng.
Hồ sơ bù trừ, cấn trừ hoặc thanh toán qua bên thứ ba.

Đặc biệt, cần chú ý trường hợp mua nhiều lần trong cùng ngày của cùng một người bán. Không nên tách thành nhiều hóa đơn dưới 5 triệu rồi mặc định rằng điều kiện thanh toán đã được đáp ứng.

4. Rà soát hóa đơn điện tử

Đối với kỳ tính thuế năm 2026, bài viết lưu ý cần cập nhật các quy định về hóa đơn điện tử có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Nên lập một file theo dõi riêng đối với:

Hóa đơn sai sót.
Hóa đơn điều chỉnh.
Hóa đơn thay thế.
Hàng bán bị trả lại.
Giảm giá.
Hóa đơn sai thời điểm.
Hóa đơn chưa được cấp mã.
Hóa đơn có số liệu không khớp với kê khai.

Không phải hóa đơn sai nào cũng xử lý bằng cách “hủy”. Tùy trường hợp sẽ có cách xử lý khác nhau.

Một file theo dõi đơn giản có thể gồm:

Số hóa đơn → ngày hóa đơn → nội dung sai → cách xử lý → hóa đơn điều chỉnh/thay thế → kỳ kê khai → ghi chú.

5. Rà soát công nợ

Đặc biệt chú ý những khoản:

Phải thu, phải trả đã lâu năm.
Khách hàng ứng trước.
Người mua trả tiền trước.
Trả trước cho người bán.
Công nợ với cá nhân.
Công nợ với giám đốc, cổ đông, thành viên góp vốn.
TK 138, 338 có số dư lớn hoặc treo lâu.

Với các khoản này nên chuẩn bị:

Hợp đồng.
Biên bản đối chiếu công nợ.
Hồ sơ giao nhận, nghiệm thu.
Chứng từ thanh toán.
Tài liệu giải thích nguyên nhân chưa thu hoặc chưa trả.

Một khoản công nợ treo nhiều năm mà không có đối chiếu, xác nhận hoặc tài liệu chứng minh thì cần được rà soát kỹ.

6. Rà soát tiền lương và thuế TNCN

Hồ sơ tiền lương nên được chuẩn bị đầy đủ:

Hợp đồng lao động, phụ lục hợp đồng.
Hồ sơ người lao động.
Bảng chấm công.
Bảng lương.
Chứng từ chi trả.
Quy chế lương, thưởng.
Quyết định thưởng.
Hồ sơ phụ cấp.
Hồ sơ người phụ thuộc.
Hồ sơ khấu trừ và quyết toán TNCN.

Bài viết cũng lưu ý từ ngày 01/7/2026 cần cập nhật quy định mới về thuế TNCN. Ngưỡng áp dụng khấu trừ 10% đối với khoản tiền công, tiền thù lao và các khoản chi thuộc trường hợp áp dụng khấu trừ 10% đã được đề cập là từ 5 triệu đồng/lần chi trả, thay cho mức 2 triệu đồng/lần của quy định cũ.

Quan trọng hơn, có bảng lương chưa có nghĩa là hồ sơ đã đầy đủ.

Doanh nghiệp còn phải chứng minh:

Người đó thực tế có làm việc.
Vị trí công việc là gì.
Công việc cụ thể là gì.
Khoản tiền lương đó liên quan như thế nào đến hoạt động sản xuất kinh doanh.

7. Rà soát tài sản cố định và công cụ dụng cụ

Cần kiểm tra:

Hóa đơn.
Hợp đồng.
Chứng từ thanh toán.
Biên bản giao nhận.
Hồ sơ đưa tài sản vào sử dụng.
Bảng khấu hao, phân bổ.
Hồ sơ sửa chữa, bảo dưỡng.
Hồ sơ thanh lý, nhượng bán.

Và quan trọng nhất phải trả lời được:

Tài sản có thật không? Đang ở đâu? Ai quản lý? Ai sử dụng? Sử dụng vào việc gì?

Các thông tin này cũng phải thống nhất với chi phí liên quan.

Ví dụ, nếu doanh nghiệp xác định một chiếc xe không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh nên không tính khấu hao vào chi phí được trừ, nhưng lại đưa toàn bộ chi phí sửa chữa, thay lốp, bảo dưỡng chiếc xe đó vào chi phí được trừ thì cần rà soát lại tính nhất quán.

8. Rà soát chi phí xăng dầu, vận chuyển

Nên chuẩn bị:

Danh sách phương tiện.
Giấy đăng ký xe.
Hợp đồng thuê, mượn xe.
Phiếu điều xe, lịch trình.
Định mức nhiên liệu.
Hồ sơ vận chuyển.
Hóa đơn xăng dầu.
Bảng theo dõi nhiên liệu theo từng xe.

Không nên chỉ tập hợp toàn bộ hóa đơn xăng dầu rồi hạch toán chi phí.

Doanh nghiệp cần chứng minh được:

Xăng dầu mua cho phương tiện nào → sử dụng vào công việc gì → có phù hợp với hoạt động thực tế hay không.

Một khoản mua nhiên liệu lớn nhưng không xác định được xe sử dụng, không có định mức, lịch trình hoặc hồ sơ vận chuyển thì sẽ khó giải trình hơn.

9. Nếu là doanh nghiệp xây dựng: mỗi công trình một bộ hồ sơ

Mỗi công trình nên có hồ sơ riêng, gồm:

Hợp đồng, phụ lục.
Dự toán.
Hồ sơ giao khoán.
Hồ sơ nghiệm thu khối lượng.
Biên bản bàn giao.
Hồ sơ thanh toán.
Hóa đơn đầu ra.
Bảng tập hợp chi phí.
Chi tiết vật tư, nhân công.
Chi phí máy thi công.
Chi phí chung phân bổ.

Sau đó đối chiếu:

Vật tư ↔ dự toán và khối lượng nghiệm thu.
Nhân công ↔ khối lượng thi công.
Máy thi công ↔ công trình sử dụng.
Xăng dầu ↔ phương tiện, máy móc.
Doanh thu, hóa đơn ↔ thời điểm hoàn thành, nghiệm thu theo quy định.

Một điểm cần đặc biệt lưu ý: chủ đầu tư chưa thanh toán và thời điểm lập hóa đơn là hai vấn đề khác nhau.

Không nên mặc định “chưa được trả tiền nên chưa xuất hóa đơn” nếu theo quy định đã đến thời điểm phải lập hóa đơn.

10. Kiểm tra hàng tồn kho

Cần đối chiếu:

Sổ kho.
Bảng nhập – xuất – tồn.
TK 152, 155, 156.
Giá vốn TK 632.
Hóa đơn mua vào.
Hóa đơn bán ra.
Kết quả kiểm kê thực tế.

Nếu trên sổ còn tồn kho rất lớn nhưng thực tế không còn hàng, phải tìm nguyên nhân.

Ngược lại, nếu thực tế có hàng nhưng sổ sách không phản ánh đúng cũng phải kiểm tra.

Thiếu hay thừa hàng đều cần kiểm kê, xác định nguyên nhân và xử lý đúng bản chất nghiệp vụ.

11. Rà soát chi phí TNDN và giao dịch liên kết

Cần kiểm tra các khoản có khả năng phát sinh vấn đề như:

Chi phí không liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh.
Chi phí thiếu hóa đơn, chứng từ.
Khoản thanh toán không đáp ứng điều kiện.
Tiền lương, tiền công.
Khấu hao.
Chi phí lãi vay.
Giao dịch liên kết.
Chi phí trích trước.
Các khoản tiền phạt.
Chi phí cá nhân đưa vào công ty.
Chi phí sửa chữa, bảo dưỡng tài sản.
Chi phí xăng dầu bất thường.
Vật tư, hàng hóa không chứng minh được việc sử dụng.

Nếu doanh nghiệp có vay, cho vay hoặc giao dịch với các bên có quan hệ liên kết, nên rà soát từ sớm nghĩa vụ kê khai, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và chi phí lãi vay.

Có thể lập một bảng theo dõi:

Khoản chi → tài khoản → số tiền → hồ sơ hiện có → vấn đề/rủi ro → hướng xử lý.

12. Kiểm tra việc chuyển lỗ

Doanh nghiệp cần theo dõi số lỗ của từng năm.

Theo nội dung bài viết, lỗ được chuyển toàn bộ và liên tục vào thu nhập chịu thuế của những năm tiếp theo, với thời gian chuyển lỗ không quá 5 năm, tính từ năm tiếp theo năm phát sinh lỗ.

Ví dụ:

Lỗ năm 2022 → bắt đầu theo dõi chuyển lỗ từ năm 2023.

Nếu cơ quan có thẩm quyền xác định lại số lỗ thì phải cập nhật lại số lỗ được chuyển theo kết luận, quyết định và thời hạn chuyển lỗ tương ứng.

BẢNG TÓM TẮT: 12 VIỆC NÊN RÀ SOÁT TRƯỚC KHI KIỂM TRA THUẾ

STT	Nhóm việc	Cần kiểm tra trọng tâm
1	Dữ liệu kế toán	Xuất Excel, sổ cái, sổ chi tiết, số dư bất thường
2	Sổ kế toán – thuế	Đối chiếu doanh thu, GTGT, lương, TSCĐ, tồn kho, công nợ
3	Thanh toán	Rà soát điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt
4	Hóa đơn điện tử	Sai sót, điều chỉnh, thay thế, sai thời điểm, chưa cấp mã
5	Công nợ	Khoản treo lâu, công nợ cá nhân, giám đốc, cổ đông
6	Tiền lương – TNCN	Hợp đồng, chấm công, bảng lương, chi trả, người phụ thuộc
7	TSCĐ – CCDC	Tồn tại thực tế, mục đích sử dụng, khấu hao, sửa chữa
8	Xăng dầu – vận chuyển	Xe nào, sử dụng vào đâu, định mức, lịch trình, chứng từ
9	Xây dựng	Hồ sơ riêng từng công trình, vật tư, nhân công, nghiệm thu
10	Hàng tồn kho	Sổ sách ↔ nhập xuất tồn ↔ kiểm kê thực tế
11	TNDN – giao dịch liên kết	Chi phí được trừ, lãi vay, giao dịch liên kết, chi phí bất thường
12	Chuyển lỗ	Theo dõi lỗ từng năm và thời hạn chuyển lỗ

TRƯỚC KHI ĐOÀN KIỂM TRA LÀM VIỆC

Doanh nghiệp nên hoàn thành một vòng tự kiểm tra trước:

1. Xuất dữ liệu → 2. Đối chiếu → 3. Tìm chênh lệch → 4. Xác định nguyên nhân → 5. Gom hồ sơ → 6. Chuẩn bị nội dung giải trình.

Nên phân loại hồ sơ:

Theo từng năm.
Theo từng sắc thuế.
Theo từng công trình.
Theo từng tài sản.
Theo từng khoản công nợ lớn.
Theo từng hóa đơn sai sót.
Theo từng khoản chi phí bất thường.

Đồng thời rà soát thông tin đăng ký thuế, hóa đơn chứng từ và các dấu hiệu bất thường trong dữ liệu kê khai, hóa đơn, doanh thu, chi phí, hoàn thuế và các giao dịch có rủi ro.

Đặc biệt: Không tự ý “chế” hồ sơ sau khi nhận quyết định kiểm tra

Đây là điểm cần hết sức lưu ý.

Không nên tạo hồ sơ mới nhưng lại ghi ngày tháng của quá khứ hoặc bổ sung chứng từ theo cách không phù hợp với thực tế.

Ví dụ:

Hợp đồng ký tháng 3 nhưng biên bản giao nhận lại ghi tháng 2.
Định mức ban hành tháng 8 nhưng lại ghi áp dụng từ tháng 1.
Người ký biên bản tại thời điểm đó chưa làm việc tại công ty.

Hồ sơ càng bổ sung mà ngày tháng, người ký và nội dung càng mâu thuẫn với dữ liệu thực tế thì càng khó giải trình.

Nếu phát hiện sai sót, cần xác định đúng phương án xử lý. Không phải trường hợp nào cũng đơn giản là “sai thì khai bổ sung”.

Phải xem:

Sai nội dung gì?
Sai kỳ nào?
Ảnh hưởng sắc thuế nào?
Đã có quyết định kiểm tra chưa?
Quyết định đã được công bố chưa?
Quy định hiện hành yêu cầu xử lý trường hợp đó như thế nào?

SAU KHI KIỂM TRA THUẾ: KẾ TOÁN CÒN PHẢI LÀM GÌ?

Sau khi có kết luận hoặc quyết định xử lý, không nên chỉ cất hồ sơ vào tủ.

Cần rà soát các nội dung bị ảnh hưởng:

Thuế truy thu.
Tiền chậm nộp.
Tiền phạt.
Thuế GTGT đầu vào bị điều chỉnh giảm.
Chi phí TNDN bị loại.
Số lỗ được xác định lại.
Hàng tồn kho.
Công nợ.
Tài sản và khấu hao.
Các chỉ tiêu kế toán liên quan.

Sau đó thực hiện nghĩa vụ thuế và điều chỉnh số liệu kế toán theo kết luận, quyết định của cơ quan có thẩm quyền.

Một lưu ý rất quan trọng: Một khoản chi bị loại khi tính thuế TNDN không đồng nghĩa với việc phải xóa khoản chi đó khỏi sổ kế toán.

Kế toán và thuế có liên quan với nhau, nhưng không phải lúc nào cũng giống nhau.

KẾT LUẬN

Kinh nghiệm chuẩn bị hồ sơ kiểm tra thuế có thể gói gọn trong một nguyên tắc:

Đừng đợi đến ngày kiểm tra mới làm hồ sơ cho “đẹp”. Hãy làm hồ sơ phản ánh đúng hoạt động thực tế ngay từ khi nghiệp vụ phát sinh.

Bởi khi kiểm tra, cơ quan thuế không chỉ nhìn một bộ hồ sơ giấy.

Họ có thể đối chiếu nhiều nguồn dữ liệu: hóa đơn điện tử, dòng tiền, kê khai thuế, công nợ, hàng tồn kho và các giao dịch liên quan.

Vì vậy, việc doanh nghiệp cần làm không phải là “đối phó” với một cuộc kiểm tra, mà là tự kiểm tra chính mình trước để biết:

Số liệu có khớp không? Hồ sơ có đủ không? Khoản chi có giải thích được không? Và những điểm nào doanh nghiệp cần xử lý trước khi làm việc với cơ quan thuế?

Căn cứ tham khảo trong bài gốc

Bài viết dẫn chiếu các văn bản gồm Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15; Nghị định 252/2026/NĐ-CP; Thông tư 90/2026/TT-BTC; Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và các văn bản liên quan; Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Luật Thuế TNCN năm 2025; Nghị định 253/2026/NĐ-CP; Nghị định 254/2026/NĐ-CP; Thông tư 91/2026/TT-BTC; Nghị định 255/2026/NĐ-CP và Thông tư 94/2026/TT-BTC. Nội dung gốc cũng lưu ý rằng từng trường hợp phải căn cứ hồ sơ, bản chất giao dịch và quy định pháp luật áp dụng tại thời điểm phát sinh.

...

Menu